مهاجرت اولیه نفت عبارتست از حرکت نفت و گاز از رسوبات متراکم و کم تراوا به طرف سنگ های خلل و فرج دار و نفوذپذیر . مهاجرت ثانویه عبارتست از جابه جایی نفت ها در داخل نفتگیر (سنگ مخزن) می باشد .

تشخیص مراحل مختلف مهاجرت اولیه در سنگ های کربناته که احتمالا سنگ مادر هستند اهمیت دارد چون ممکن است این عمل در خود سنگ آهکی و یا سنگ های رسی اطراف صورت گیرد .

نظریه ای که بیشتر مورد قبول واقع شده است این است که رسوبات در اعماق زیاد تحت تاثیر نیروی وزن

رسوبات بالای خود آب بین ذره ای خود را از دست می دهند و به نظر  ویکس (1961) از هر مایل مکعب گل در حین تراکم در داخل حوضه رسوبی 15-20 بلیون بشکه مایعات خارج می گردد . هنگامی که مایعات از طریق رسوبات سخت شده عبور می کنند با خود مقدار کمی نفت حمل می کنند . به علت آزاد شدن نفت در داخل حفرات سنگ مخزن شرایط فیزیکی و شیمیائی بطور کامل عوض می شود . هنگامی که قطرات نفت درشت تر شدند داخل حفراتی که توسط آب اشغال شده بود می گردند . در هر حال این یک نظریه است و توضیح داده نشده که چگونه نفت با آب مهاجرت می کند .

نفت ممکن است به شکل قطرات یا کلوئیدهای پراکنده در محلول یا به صورت گاز مهاجرت کند . هابسون(1954) در مورد مکانیسم عمل بحث کرده و گفته است که نفت موجود در بین منافذ کوچک تحت فشار قرار می گیرد و بدین ترتیب راه خود را به طرف مخزن طی می کند . بیکر(1962) دلائلی ارائه داده است که مطابق آن تایید شده است که مهاجرت نفت به صورت کلوئیدهای پراکنده و رقیق صورت می گیرد .

نفت ایران و جنوب شرق ترکیه در مجموعه ای از ریف ها و آهک های شکاف دار و درزدار تجمع نموده اند . نفت میدان های جنوب غرب ایران از سنگ آهک آسماری فوقانی حاصل می گردد و پذیرفته شده که یک نفت بومی است این سنگ آهک 250-500متر ضخامت دارد و در بعضی از نواحی اختصاصات ریفی دارد و غنی از مواد آلی است . میدان نفتی کرکوک در عراق ، دارای 96 کیلومتر عرض و ذخیره ای حدود یک بلیون بشکه است که آن نیز مثال دیگری از مخازن خاورمیانه است که سنگ مادر آن کربناته می باشد . در روی سنگ آهک مزبور یک لایه نمک و در زیر آن یک لایه مارن وجود دارد .